具便秘性，賴氨酸不足（1.3%—1.5%），精氨酸過高(3.6%—3.8%)，蛋氨酸少（約0.4%）,硒很少，磷多鈣少，70%為植酸磷，棉酚是餅粕顯色主要原因，結合型棉酚不被動物吸收，游離棉酚與氨基酸結合時對動物有害，棉酚損壞生殖系統機能，環丙烯類脂肪酸可加重棉酚引起的蛋黃變褐、變硬，并使蛋黃呈粉紅色，賴氨酸：精氨酸=100：300，對反芻動物無毒性，少量使用提高奶牛乳脂率。雛雞3%以下，產蛋雞育成料<5%，產蛋期<6%，如>9%效果明顯下降且蛋保存5周即發生蛋黃變色，一般乳豬、仔豬料不使用，種畜免用，肉豬取代15%豆粕，奶牛精料中>50%影響適口性。生長肥育豬游離酚應<0.01%,產蛋雞<0.02%，肉雞<0.05%，雛雞日糧棉酚達成60—200PPM阻礙生長，蛋雞達成20PPM蛋黃易變色。棉籽加熱過度，使棉粕發紅，影響氨基酸的吸收和飼口性（做KoH溶解度試驗）；棉粕發黃是棉酚含量少的標志；棉殼多，棉絨多，棉粕質量差。
    棉籽粕是豆粕價格高漲的良好替代品，但是檢驗有一定的困惑，首先，要采樣合理，混勻，四分法要反復混合均勻、分好，之后粉碎的時候，要用40目篩過濾再次粉碎，最后混合。建議在測定蛋白質時，最好多做幾個平行樣。

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