由于目前大部分轉基因（GM）植物及其產品被用作動物飼料，它們對動物以及食物鏈中的人群是否安全，就成為另一個關注的問題。
目前轉基因飼料爭論的熱點是：①轉基因作物中的外源基因是否可能引起動物和人的過敏反應。②轉基因作物中的抗性基因是否會轉移。③抗蟲轉基因作物產品中的殺蟲蛋白、蛋白酶活性抑制劑和殘留的抗昆蟲內毒素是否會危害人和動物的健康。④抗除草劑轉基因作物的推廣可能導致除草劑在環境中殘留量增高進而污染食品和飼料。⑤抗病毒轉基因作物中導入的病毒外殼蛋白基因可能對人和動物的健康產生危害。
植物DNA不易在加工過程中被破壞，大部分DNA在90加熱后仍保持完整，在青貯飼料中DNA也幾乎不被降解。因而給動物飼喂含GM產品的飼料，也許會帶進有害的DNA片段，這些片段會對腸道細菌及有關細胞產生一些未知的影響，引起它們遺傳上的變異，或者進而產生破壞性的結果。
DNA在葉、種子中，一定高溫以及青貯后仍保持完整性。動物飼料生產加工的溫度約為80，最多只能部分破壞DNA。而許多情況下常常使用來加工的原料作為飼料。大多數商品化動物飼料含有大于1200hP（表示DNA的大小）的完整DNA片段，而轉基因生物中使用的β一內酸胺酶抗生素抗性標記基因約1200hp大小。美國FDA明確提出DNA片段很可能會被哺乳動物細胞攝入，英國官方則指出轉基因的DNA不但可通過攝食轉移，而且可在食品加工和農場工作時通過接觸粉塵、花粉轉移。
美國研究機構的研究結果顯示，目前尚未發現轉基因飼料對畜禽的生長性能、健康狀況及肉、蛋、奶組分產生危害影響，在肉蛋奶中也未檢出轉基因蛋白和轉基因DNA。目前的趨勢是在保障人類健康和生態環境的同時，促進而不是限制基因工程技術產品的發展。隨著轉基因作物的迅速發展與應用，轉基因作物及其副產品將越來越多的用作飼料。
中國農業大學采用基因工程方法改良玉米品質喜獲成功。在國家高技術研究發展計劃和國家轉基因研究與產業化專項資助下，中國農業大學以敖光明教授為首的課題組承擔的“高蛋白質、高賴氨酸轉基因玉米自交系和雜交組合的選育”課題，今年1月8日通過成果鑒定。
玉米是高產的糧食作物，也是主要的飼料和工業原料作物，但玉米的營養品質相對較差，蛋白質、賴氨酸含量也低。世界衛生組織提供的資料顯示，由于賴氨酸含量低，玉米種子中的蛋白質只有45％～50％被人和動物利用。在我國以玉米為支柱產業的飼料工業中，玉米賴氨酸含量只占種子干重的0．27％左右，蛋白質只占種子干重的9．5％左右。因此，配、混合飼料中必須添加優質賴氨酸等飼料添加劑，才能滿足畜禽生長發育的需要。長期以來，科學家希望通過常規育種方法來提高玉米種子中的賴氨酸含量。由于可重組的基因源的制約，遇到了賴氨酸和蛋白質含量不能同時提高的難題。
敖光明教授為首的課題組利用基因工程手段經過7年潛心研究，克服了常現玉米育種中存在的賴氨酸和蛋白質不能同時提高的難題，所培育的優質玉米主要性能指標已超過優質蛋白玉米，為優質玉米的培育探索了一條新途徑。研究中課題組還利用轉基因自交系與常現自交系配制大量雜交組合，從中篩選出了綜合農藝性狀優良。適合于華北地區夏播的2個雜交組合Y642和Y419，現已完成安全性評價體系中的環境釋放試驗，具有良好應用前景。課題組分離的高賴氨酸蛋白基因，建立的高蛋白質、高賴氨酸優質玉米的轉基因技術體系，已申請國家發明專利。
該成果在國內外首次采用基因工程手段育成了18個轉基因優質玉米自交系，其蛋白質含量占種子干重的132％～17．2％，賴氨酸含量占種子干重的0．38％～0．46％，并且配合力好。蛋白質的氨基酸組成上，除亮氨酸與對照自交系持平外，其它氨基酸的含量都有增加，尤其人類必需的8種氨基酸都有較大幅度提高。
專家認為，這項技術成果已形成技術和產品的儲備，具有潛在的巨大經濟效益和社會效益。
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