有多種方法凈化飲用水，但僅有很少幾種方法可以在生產期間應用。使用有機酸就是其中的方法之一。
最近幾年來，由于某些飼料添加劑的禁用，尤其是對飼料從購進原料到飼料產品終端實行全程監控，因而飼料品質得到提高。飼料質量監測系統如：HACCP,對加工場區內的一些關鍵環節進行監控。一些飼養場也實行了HACCP認證。但是對家禽的飲用水這一關鍵環節卻沒有實行這樣的有效監控。
飲用水是最重要的營養素，甚至比蛋白質和能量還要重要。如果動物沒有水飲用或者飲水量不足（由于乳頭堵塞或飲水污染造成），就會影響到飼料的攝入和飼料的轉化效率，從而影響到生產性能。記住：動物的飲水量通常是飼料攝入量的兩倍或更多，由此可以知道清潔的質量好的飲用水是多么的重要。
一、清潔飲用水。
近些年一些實驗室經常對水中微生物計數分析（總細菌數，大腸桿菌，腸桿菌），對水中的化學成分（如：礦物質、硝酸鹽及其它）進行定量分析。結果表明在水中微生物很容易繁殖。這使得畜牧生產者傾向于比以往更加關注飲用水的品質問題了。
為防止水中微生物對家禽產生危害，必須采取措施徹底清潔消毒供水系統。微生物生長需要特定的條件。而那些污染了飼料殘渣和糞便的水，在相對高的溫度下，給微生物的最佳生長提供了極好的條件。這種情況在畜舍里很常見。
除了糞便等污物，一些添加劑也在微生物繁殖中扮演提供營養的角色。當把這類添加劑加入到飲水中后，在飲水線內會形成所謂的生物膜，它可以造成管道堵塞。
某些添加劑的載體是糖類，可以在水線內沉積，成為微生物生長的極好的培養基。
二、抑制水線中的微生物。
總的來講，建議定期對飲水系統進行徹底清潔。大多數情況下，可以使用含氯、苯酚、季銨鹽類、過氧化氫的消毒劑。如果水線內不含有太多的有機物質，如：生物膜，在合適的添加劑量下，這些消毒劑是非常有效的。其局限性是只能在舍內沒有畜禽的情況下才能使用。這些消毒劑的有效劑量常常對畜禽有相當的毒性，因此在生產期間使用，很難體現其對畜禽的積極效果。還有就是這類消毒劑成分可能會與水中添加的其它成分產生拮抗作用。
三、生產間隔期間清潔水線。
在生產間隔期間清潔水線，其效果往往局限在水平走向的主供水管道。但對把水引向飲水器的垂直管道部分則得不到清潔，同樣乳頭和飲水杯也得不到清潔。這意味著在垂直方向的水管內的生物膜不會被清除。這樣生產間隔時間越長，下批新進的本身抵抗力就低的雛雞受微生物污染得病的幾率就更高。所以這個方法并不明智。我們通常需要在一日齡雛雞的飼料或飲水中添加預防用抗生素可能與上述現象關系很大。如果我們能保證飲用水的質量，那么這種添加預防用抗生素就不再需要了。
四、微生物繁殖媒介的生物膜。
在生產期間，特別是當大量使用水溶性添加劑（如：維生素、礦物質、電解質、酶、抗生素，等），在水線內壁就會生成一層厚厚的生物膜。對于有害微生物來說，生物膜是一個非常好的培養基，微生物可以利用它加快生長繁殖。通過開放式的儲水罐或者受污染的乳頭飲水器，致病微生物很容易進入到水線內，并快速移動擴散，最后污染整個飲水系統。致病微生物在飲水系統內，附著到生物膜上，開始全速生長繁殖。
在水中加入有機酸不會傷害畜禽，也不會污染環境，卻可以保持飲水系統不被微生物污染。來自荷蘭的賽爾可公司（Selko BV）利用最新的概念開發出一種新的產品，向畜禽飼養者承諾，在生產和間隔期間全部水線（水平、垂直、乳頭飲水器等）都會保持清潔。其產品所含的有機酸是被歐盟接受作為飼料添加劑使用，在生產期間使用對畜禽無害。
五、有機酸的應用。
大多數微生物在水中的生長受制于水的pH。通常水的pH在7-8之間，呈中性。這對很多微生物來講都是很理想的pH環境。在有營養物質（生物膜）存在時，水中（致病）微生物數量很大。在這樣的環境中，細菌每30分鐘就可以增殖一次。這意味著在晚上，家禽不再飲水，水線內的細菌有充足的時間生長繁殖，飲水就會被嚴重污染。比如，在晚上水中只含腸桿菌100個/毫升，但在第二天早上其數量會達到5,000,000個/毫升。想象一下，當家禽經過一夜的休息，早上喝上幾口這樣的水，會喝下多少致病菌。病原微生物正是這樣通過互相連接的管道系統傳遞擴散至整個禽舍供水管道，甚至從一個禽舍傳遞至另一禽舍。
了解到這一點，我們也就容易理解在取水樣作分析時，要取動物剛開始飲用的飲水乳頭或飲水杯處的水。這樣做所得到的結果肯定與從水箱或畜舍進水口處取水樣完全不同。
六、殺滅細菌。
一般來說，當飲用水的pH值降到約4.0的時候，水中的細菌會被殺滅（見下圖）。向水中加入短鏈有機酸會幫助降低水的pH值至4.0，從而殺滅細菌。不過，pH降低至4.0還不夠。從下圖可以知道，一些微生物如：酵母菌、霉菌和藻類，在pH=4.0時還能容易生長。在有生物膜/營養素的情況下，這類微生物能快速生長，產生大量的有害的毒素物質和阻塞供水系統的粘性物質。大多數這類微生物還可以利用水中添加的有機酸作為能量來源物質。
如果用酸來殺滅這類微生物，則需要將水的pH降低至1.5以下。這個是容易做到，但問題時如果水的pH在1.5以下，畜禽就不喜歡了，水也不適合飲用了，還會損害口腔及食道粘膜上皮。所以通過降低水的pH至1.5以下并不是解決辦法。
七、正確有效的組合。
通過考慮到水中合適的添加量，然后選擇合適的有機酸、有機酸鹽和其它的添加成分，珠海國茂生物科技公司研制開發了一種安全有效的有機酸復合產品。為達到對水的清潔消毒，只需在水中添加0.1%，安全有效而且成本低。它可以保持飲水系統不被病原微生物污染、防止粘稠物質堵塞管道和乳頭的情況。劑量增加還可以提高畜禽健康狀況（尤其對大腸桿菌、沙門氏菌等感染性疾病），而并不會影響到畜禽的水和飼料的攝入量。
在使用能降低水的pH值類產品的時候，要確保供水系統中沒有易被腐蝕的部件。否則會因為酸的氧化反應導致該部件破損，漏水。不銹鋼和PVC塑料材質可以耐受pH4.0的酸性環境，是理想的選擇。
八、不同部位的清潔方法。
下面是關于對供水系統各部位如何進行清潔消毒，各部位微生物污染敏感度以及在何時用何種方式來處理。
1、水源。 一般是地下水，每隔半年采水樣作微生物和化學分析。自有井中的水一般不含病原微生物，但可能含有較高的鐵和其它礦物質元素，這些物質正好有利于大腸桿菌的生長。為此，需要采用有效去除這些礦物質的設備。
如果所取的水存儲在儲水池內，那么必須保證儲水池的密封性。還應定期對水進行檢測，看是否被微生物污染。將儲水池中的水進行酸化處理是一個好辦法。
2、水龍頭、緩沖容器、水箱。這些容器通常置于家禽頭部位置上，溫度較高，容器中的水溫易接近或達到室溫，易被空氣中灰塵污染，病原微生物增殖快。將水酸化就可以防止細菌增殖。
3、主管道。飲水加藥處理，由于藥物產品含有的很多有機載體，會帶來更多的生物膜問題。因此，在每次飲水投藥后，應該用酸處理24小時以清潔管道系統。
4、水平管道與垂直管道。在一個生產周期結束前2-3天，對飲用水酸化處理以保證垂直管道和飲水乳頭清潔無污染，這會對下一批雛雞有好處，另外可以降低育雛初期抗生素的使用。在生產間隔期，可用標準的化學消毒方法來清潔水平供水管道。
5、飲水杯、引水槽、普拉松飲水器。如果供水系統是開放型的，灰塵及病源微生物很容易進入飲用水中。尤其是育雛前期，飲水量低，舍溫高，微生物污染更嚴重。如果用酸進行處理，就可以大大降低這類飲水器的微生物污染，減少疾病的發生。