當前水產中草藥飼料添加劑功能類型很多，大多數配方為綜合性的配方。在使用中缺少科學指導，存在很大的盲目性。中草藥的配伍較復雜，如果使用不當就會出現副作用。如促進生長應以健胃消食、安神定驚的藥物為主；預防疾病，應以抗菌、促進免疫的藥物為主。所以設計科學的配方是生產高質量中草藥添加劑的關鍵，在進行中草藥配方設計時要根據水產動物的習性、生長階段、生理狀況、養殖條件及季節進行合適配伍、調整。同時所涉及的配方要有針對性，這樣才能發揮出中草藥的功能。需要考慮以下一些環節：①注意中草藥的十八反、十九畏的條件性配伍和維生素、微量元素、氨基酸等營養物質之間的協同與拮抗作用；②根據水產動物種類、生長發育階段、生理狀態、養殖模式、環境條件、季節以及病害流行情況，適時進行配方調整；③由于產地、季節、炮制方法等因素不同，同一種中草藥其成品的性能也會有所差異，會出現同樣的配方卻產生不同效果的現象，故要注意穩定藥材的質量。近幾年來，隨著科學技術的發展和研究方法的進步，對一些中藥配伍原則提出質疑，對一些十八反的藥物配伍后，應用于臨床取得一定的療效。但并不能就此否定中醫理論，中醫理論的應用在目前仍有不可替代的作用。在進行配伍時，應以中醫理論為基礎，以中藥藥理學、中藥化學、營養學為指導。