各種病原微生物遇到適宜的環境條件就會迅速而大量地繁殖， 孵化場適宜的孵化溫度和濕度為微生物的繁殖提供了良好的條件， 而病原微生物一旦感染了胚胎或雛雞，就會造成胚胎的早期死亡及雛雞產品質量的低劣，輕者造成經濟效益的下降，重者威脅孵化場的生存。 可見加強孵化生產過程中的病原微生物控制，已成為孵化場管理工作中最重要的內容。
一、嚴格控制病原微生物的來源
1.種蛋種蛋要求來自無疫情的健康雞群所提供， 但在種蛋產出過程中仍有可能被病原微生物污染，除了要求種蛋在種雞場經過消毒外，運至孵化場后必須以3倍量的甲醛、高錳酸鉀熏蒸消毒1次，經化驗總菌數小于20個， 其中主要致病菌，如大腸桿菌、沙門氏菌、葡萄球菌含量為0，方可放入蛋庫貯存。種蛋入孵后，每周對種蛋進行1倍量的甲醛、高錳酸鉀熏蒸消毒，以控制細菌的生長。
2.人體人體是病原微生物的主要載體之一， 要求外來人員一律拒絕進入孵化場生產區，本場工人每天入車間要求消毒、淋浴，更換清洗消毒后的工作服、帽子、口罩、拖鞋，出車間也要求淋浴。車間的臟、凈區不能串崗，特殊情況由臟區到潔凈區需要淋浴更衣。在接觸種蛋、雛雞前，要先洗手消毒才能操作，無論工作或休息時，嚴禁對種蛋、雛雞咳嗽、打噴嚏、吐痰， 以減免細菌的傳
播。
3.車輛嚴禁外來車輛進入場區，本場運蛋車入場要求噴灑消毒， 司機下車通過消毒通道方可進入場區，在卸種蛋過程中，司機不許下車。運蛋車不準許運輸除種蛋之外的其他物品，車廂要求每周至少熏蒸消毒1次。
4.用具孵化場所有用具，如蛋筐、蛋盤、拖布、掃帚等物品， 一經外界進入場區都要消毒后方可使用，以控制由于用具不潔造成病原微生物的傳播。
5.包裝材料孵化場所用的主要包裝材料為雛雞盒，入場區后要先放入距生產區50米遠的庫房中先進行薰蒸消毒后才可使用，嚴禁任何未經消毒的包裝物品進入生產區域。
6.空氣空氣攜帶病原微生物更有其隨意性， 所檢測的大部分病原微生物都是由空氣帶入的，由于蛋庫、孵化廳特定的環境要求有大量的空氣流通，此環節的控制往往成為難點。在管理中，要求對進氣孔、過濾網每周不少于3次的衛生清理，尤其對孵化、出雛器的進、出風口要時常保持清潔，以防細菌循環傳播。
二、控制病原微生物的繁殖
由于孵化場特定的溫室、濕度等條件， 為細菌繁殖提供了較理想的場所，這就要求管理者從孵化過程的各個環節入手，及時檢測細菌的生存狀態， 采取各種有效措施切斷病原微生物的傳播渠道。除了以上所述，從種蛋入場區嚴格控制開始，還要注意保持孵化器的清潔衛生，每周不少于2次進行徹底擦拭，尤其進、出風口處，不允許有灰塵。孵化、出雛廳的四周墻壁、地面，每周不少于3次徹底用消毒液清理，要求所檢測的細菌總數不超過32個。出雛后要認真沖洗出雛器，不允許留有異物，消毒要完全徹底，出雛盤要沖洗干凈，消毒徹底，以防病原微生物污染下批雞雛。每次出雛后，要對出雛場地進行徹底清洗、消毒。由于孵化生產過程有其循環性，因此，要求雞蛋、入孵、沖洗、 出雛任何一個環節的衛生消毒工作都要做得全面、徹底， 才能從整體上切斷病原微生物的傳播途徑，降低其生存數量，最終達到提高雛雞質量、增加經濟效益的目的。