生物方法有兩個方面的概念，其一是通過向水體中補充能去除有害物質(zhì)的有益生物活性細菌來凈化水質(zhì)，創(chuàng)造好的水質(zhì)條件。這些有益菌能將有害的物質(zhì)從水體中除掉。有益菌還可與致病菌產(chǎn)生生長競爭，能阻止有害細菌在水中的繁殖和生長，對防止疾病有著十分重要的作用。
其二是調(diào)節(jié)控制水體生態(tài)系統(tǒng)的生物群落，使構(gòu)成養(yǎng)殖水體生態(tài)系統(tǒng)的生物種類和數(shù)量對養(yǎng)殖對象有利，通過觀察水色及其變化判斷水質(zhì)并根據(jù)觀察的結(jié)果采取相應(yīng)的調(diào)控措施；比如在養(yǎng)螃蟹的池塘里栽種和保持水生高等植物，為螃蟹提供良好的生長環(huán)境等等。另外，實驗數(shù)據(jù)表明，養(yǎng)殖對蝦時，在蝦塘培育優(yōu)良的海藻種群，可以使養(yǎng)殖對蝦的免疫能力提高。
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