（一）抗菌肽結構與抗性作用機理
α-螺旋型抗菌肽
研究表明，α-螺旋肽如昆蟲cecropins，通過其兩親性α-螺旋上的正電荷與細菌細胞膜磷脂分子上的負電荷之間因靜電吸引而結合在細胞膜上，再借助于其分子中N端和C端間連接結構的柔性，抗菌肽分子中的疏水端插入到細胞膜中，然后兩親性的α-螺旋也插入到細胞膜中，這樣就破壞了脂質雙層原來的有序結構。由于α-螺旋具有兩親性，所以抗菌肽分子通過膜內分子間的位移而相互聚集在一起，從而在膜上形成離子通道，使細菌因不能保持正常的滲透壓而死亡。
β-折疊型抗菌肽
(1)作用部位的有效性。傳統抗生素是通過消除微生物生長或生存必需的功能，如阻撓細菌蛋白質的合成或者改變酶的活性來達到殺菌目的，而細菌通過改變一種基因就足以對付抗生素的這種進攻。抗菌肽則作用于細菌細胞膜，導致膜的通透性增大，以此穿透、殺滅細菌。細菌必須改變膜的結構，即改變相當部分的基因才能防御抗菌肽的進攻，而這幾乎是不可能的。因此，抗菌肽極大地減少了產生耐藥性的可能。
(2)作用對象的選擇性。抗菌肽只對原核生物細胞和真核生物病變細胞有抗菌作用，對正常的真核生物細胞不起作用口 。原因在于原核生物和真核生物的細胞膜結構不同，真核細胞膜中含有大量的膽固醇，而膽固醇的存在使膜結構趨于穩定。此外高等動物存在高度發達的細胞骨架系統，其存在也抵抗了抗菌肽的作用。癌細胞的細胞骨架系統與正常細胞相比不發達，這是抗菌肽對其產生抑制作用的原因之一。
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