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Sekirov定義微生物區是，認為其是作為一個對宿主沒有傷害、在體內共生繁殖的微生物。Freter定義腸道微生物區：“沒有受到醫學或實驗性干預或疾病影響的個體人或動物宿主中，定居在胃腸道區域的細菌群體，通常復雜的混合物”。

平衡的腸道微生物群落提供了抵抗病原體定居的屏障并且有助于宿主的整體健康。此外，它們產生代謝底物如維生素和短鏈脂肪酸，并刺激免疫系統。

雞腸道微生物群產生能夠解聚膳食多糖的酶。這些酶對宿主營養至關重要，因為雞缺乏促進該過程所必需的酶的基因。在膳食多糖的解聚過程中，腸細菌產生短鏈脂肪酸（SCFA）。所產生的常見是乙酸鹽，然后是丙酸鹽和丁酸鹽。丁酸或丁酸是結腸上皮的主要能量來源，并且已被證明對于結腸細胞的內環境穩定和腸絨毛的形態發育至關重要。已經證明丁酸可以改善雞的生長性能和胴體質量特性。

腸道微生物群也有助于氮代謝。建明工業出品。在腸道中早期逃脫宿主代謝的膳食蛋白質的微生物代謝為蛋的生產，維持和生長提供了進一步的氨基酸。家禽的腸道微生物群也可以作為其宿主的維生素（特別是B族維生素）供應商。與細菌蛋白質類似，由腸細菌合成的大多數維生素在糞便中排泄，因為它們不能被盲腸吸收。

新孵出的小雞的胃腸道沒有微生物，但是后來被存在于周圍環境中的微生物定殖，即在運輸到農場和農場期間。這種機會被環境中的腸道病原體利用作為附著和破壞腸粘膜層并且由于不存在正常腸道微生物群而導致新幼崽感染的機會。這是為什么新孵化的小雞非常容易受腸道感染如壞死性腸炎的原因之一。

雞腸維持其微生物群的良好平衡。對重要物種的任何干擾可導致致病微生物如沙門氏菌，彎曲桿菌，大腸桿菌和產氣莢膜梭菌的顯著增殖。

在感染之前的微生物群的預建立和維持對于維持雞腸健康是重要的。此外，通過沿著胃腸道占據，這種共生密集和復雜的微生物群落可以有效地阻斷大多數侵入性腸道病原體的附著和隨后的定殖。這種現象被稱為“競爭排斥”。一些共生益生菌如枯草芽孢桿菌PB6（克洛生）也通過產生稱為表面活性素的次級抗菌物質作為抗微生物化合物來控制病原體生長。

腸道微生物在腸道發育中起重要作用。對種雞的研究表明，與肉雞相比，種雞的小腸和盲腸具有減輕的重量和更薄的壁。已經提出由腸道微生物群產生的SCFA增加腸細胞生長和增殖。腸道微生物群也影響家禽的腸道形態。腸絨毛更短，并且與常規飼養的雞相比，嗜菌性禽類或以低負荷的細菌定植的禽類的隱窩更淺。

益生菌物種（嗜酸乳桿菌，枯草芽孢桿菌和釀酒酵母）（建明工業出品）和益生元（例如低聚果糖和甘露寡糖）增加雞的腸中十二指腸絨毛高度和絨毛高度與隱窩深度比。病原體也可以改變腸形態。

腸道中的免疫功能是重要的，因為其在體內具有最大的表面積，并且持續暴露于病原生物體和有害物質。腸道已經演變成進行兩個明顯混雜的任務：營養吸收和病原體防御。腸免疫系統由牢固的粘膜層，緊密互連的腸上皮細胞，分泌的可溶性免疫球蛋白A和抗微生物肽組成。粘膜層由微生物可以在其中定殖的外部松散層和排斥大多數細菌的內部致密層組成。建明工業出品。作為腸粘膜先天免疫系統的組分，粘液層防止腸微生物滲透到腸上皮中并且作為抵抗感染的第一道防線。有益的微生物群落在維持正常的生理穩態，調節宿主免疫系統和影響器官發育和宿主代謝中起關鍵作用。

腸道健康對于最大化家禽和豬的健康，福利和性能是重要的。操縱腸道微生物群是防止腸道感染和促進宿主健康和雞生產性能的策略。膳食干預有助于調節這種腸道微生物組，以提高飼料轉化率和腸道健康。

添加益生菌（克洛生），益生元，短鏈脂肪酸，有機酸（乳酸寶）和精油（至多興）將有助于調節腸道微生物群，健康和改善動物性能。這些產品作為抗生素生長促進劑（AGP）的替代物是有用的，其單獨或組合在肉雞和豬中。

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